第13季于2009年播出，共20集。本季第一次使用纯CGI制作。
上一季：第12季
下一季：第14季
剧集
| 集数 | 标题 | 主角 |
|---|---|---|
| 1 | 克兰奇嘎吱响 | 托马斯，克兰奇 |
| 2 | 多多岛的狮子王 | 托马斯 |
| 3 | 粉色的詹姆士 | 詹姆士 |
| 4 | 孪生兄弟的烦恼 | 托马斯，隆汉姆•海特 |
| 5 | 滑溜溜的多多岛 | 托马斯 |
| 6 | 早起的鸟儿 | 托马斯 |
| 7 | 玩乐时间 | 托马斯，查理 |
| 8 | 托马斯和小猪 | 托马斯 |
| 9 | 故事会 | 托马斯 |
| 10 | 培西的包裹 | 培西 |
| 11 | 托比的新汽笛 | 托比 |
| 12 | 凌乱的鲜花 | 艾蜜莉 |
| 13 | 托马斯和飘远的风筝 | 托马斯 |
| 14 | 冒蒸气的多多岛 | 托马斯 |
| 15 | 水花四溅 | 托马斯，萝丝 |
| 16 | 最特别的礼物 | 托马斯，西诺 |
| 17 | 雪道 | 高登 |
| 18 | 亨利做好事 | 亨利 |
| 19 | 小蜜蜂嗡嗡 | 托马斯 |
| 20 | 西诺帮忙 | 西诺 |
角色
- 托马斯
- 艾德华
- 亨利
- 高登
- 詹姆士
- 培西
- 托比
- 艾蜜莉
- 史宾塞
- 萝丝
- 西诺
- 迪赛尔
- 麦维斯
- 维多
- 洛奇
- 凯文
- 克兰奇
- 胖总管
- 海特夫人
- 贵妇海特
- 史蒂芬•海特
- 布丽吉特•海特
- 扎特农夫
- 麦柯尔农夫
- 阿丽西亚•波蒂
- 多多岛市长
无台词
- 安妮和克拉贝儿
- 亨丽埃塔
- 柏蒂
- 博克斯福德公爵夫妇
客串
- 大米奇
提及
- 瘦总管
本季新角色
- 查理
- 隆汉姆•海特